Gereja Syaloom di Desa Naku berakar dari sejarah panjang Kristen Protestan di Maluku yang secara institusional berdiri sebagai GPM pada tanggal 6 september 1935. Sejarah berdirinya Gereja ini terkait dengan zending Belanda dan peran VOC dimana jemaat-jemaat dibentuk untuk melayani kebutuhan rohani masyarakat setempat.