Batu Palungku merupakan salah satu situs sejarah yang melambangkan asal usul masyarkat Desa Naku. Sejarah Naku melibatkan perpindahan penduduk dari Ureng dan Jazirah Leihitu yang pada saat itu merubah keyakinan mereka dari Islam ke Katolik (1550) hingga protestan. Situs Batu Palungku ini merupakan saksi bisu masamasa awal pemukiman.